my simple Galaxy script

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Al trabajar con Galaxy y empezar a “indexar” los genomas de referencia para distintas herramientas NGS , me vi en la necesidad, en el caso de Blast, de complementar usando bash un script en python que permite preparar una base de datos para Blast en el formato adecuado para Galaxy.

Basicamente el flujo es:

Fasta File (in) – – > set_galaxy_blastdb.sh (process) – – > Galaxy Fasta File (out) – – > Blast Reference Seq