Mi Minuta Talleres Bioinformática Ciencias Genomicas UNAM 2012

Gracias a la invitación de Jerome Verleyne y Romualdo Zayas la cual agradezco mucho, participe como ponente en los talleres internacionales de bioinformática 2012 los cuales se llevaron a cabo en el Centro de Ciencias Genomicas de la UNAM del 16 al 27 de enero de 2012.

Durante mi estancia en los talleres encontré a personas conocidas con quien pude al menos intercambiar un saludo.

Fue un excelente evento, realmente aprendes muchos temas muy interesantes y lo mejor es que todos tienen el mismo espíritu de compartir y una buena vibra !! a mi realmente me sorprendió que algunas de las personas conocieran mi pequeño blog de bioinformática y estuviesen al pendiente del mismo, gracias !! gracias por la buena vibra con la que me contagiaron durante el evento y gracias a todos las personas que se me acercaron para platicar un poco, cuentan con mi apoyo siempre.

Básicamente me toco impartir dos platicas, la primera sobre las experiencias y problemas en mi trabajo y la segunda platica aborde el tema sobre una aplicación web llamada “Query Sequence Visualizer” que desarrollamos hace 5 años en el Laboratorio Nacional de Genomica para la Biodiversidad en el Cinvestav, la cual se uso para visualizar y consultar información sobre el genoma del maíz palomero.

El material, presentación online y detalles de la aplicación Query Sequence Visualizer es:

http://www.langebio.cinvestav.mx/bioinformatica/jacob/projects/qsv/

Me gusto mucho añadir que el proyecto Query Sequence Visualizer que desarrollamos fue sin más ni más “HECHO EN MÉXICO”

La presentación en formato pdf de la platica de las Experiencias y Problemas Experiencias y Problemas

Algunas de las fotografías que tome :

Es importante empezar a desarrollar algoritmos para el GPU para el análisis de la información biológica y minimizar tiempos, aunque no estoy muy de acuerdo en la platica de la persona que toco el tema de NVIDIA CUDA , pues finalmente Rocks es Software Libre y si en un momento dado cambiara el esquema de licencia , podemos hacer un fork de Rocks, juntar programadores y administradores quienes estén interesados en que el proyecto Rocks siga libremente y para ello existen mas del 70% de gente en el mundo que seguro estarán de acuerdo y con el animo de participar , soy el primero en apuntarse a continuar con el desarrollo de Rocks, es cierto que puede haber soluciones comerciales y que bueno que existan pero por no por ello podemos con fundamento decir que es la panacea y que por ello debemos migrar a dicha solución comercial.

Muchas gracias a Clemen Olivares del IBT por todo tu apoyo !!! Clemen Graciassss !!

Muchas gracias Cei Abreu por tu apoyo !! :D

Gracias a todos todos y como dijera Pablo Vinuesa , nos vemos el próximo año.

No olviden inscribirse a la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática

Jerome Verleyne

my simple Galaxy script

Al trabajar con Galaxy y empezar a “indexar” los genomas de referencia para distintas herramientas NGS , me vi en la necesidad, en el caso de Blast, de complementar usando bash un script en python que permite preparar una base de datos para Blast en el formato adecuado para Galaxy.

Basicamente el flujo es:

Fasta File  (in) – – >  set_galaxy_blastdb.sh  (process) – – > Galaxy Fasta File (out) – – > Blast Reference Seq

Detalle :

Fasta File  – – > set_galaxy_blastdb.sh  – – > Fasta File Temp  – – >  Galaxy megablast-prepdb.py  – – >  Galaxy Fasta File

Galaxy Fasta File  – – > set_galaxy_blastdb.sh – – > Blast Format Database  – – > Blast Reference Sequence