Mi Minuta Talleres Bioinformática Ciencias Genomicas UNAM 2012

Gracias a la invitación de Jerome Verleyne y Romualdo Zayas la cual agradezco mucho, participe como ponente en los talleres internacionales de bioinformática 2012 los cuales se llevaron a cabo en el Centro de Ciencias Genomicas de la UNAM del 16 al 27 de enero de 2012.

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my simple Galaxy script

Al trabajar con Galaxy y empezar a “indexar” los genomas de referencia para distintas herramientas NGS , me vi en la necesidad, en el caso de Blast, de complementar usando bash un script en python que permite preparar una base de datos para Blast en el formato adecuado para Galaxy.

Basicamente el flujo es:

Fasta File (in) – - > set_galaxy_blastdb.sh (process) – - > Galaxy Fasta File (out) – - > Blast Reference Seq

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