Curso Bio-Linux 6 Cinvestav-Langebio

El pasado 7 de febrero impartí un curso básico de Bio-Linux 6 a un grupo de alumnos de maestría de Cinvestav dentro del programa de Métodos Experimentales y de acuerdo a los resultados de la encuesta que aplique a los alumnos nos falto un poco de tiempo para hacer más practicas, pero en general estuvo bien el curso según los resultados.

Para mayor información del curso de Bio-Linux 6, comentarios y diapositivas  visita el siguiente sitio web .

How to install EMBOSS/JEMBOSS

JEMBOSS es una interfaz gráfica para EMBOSS.

En el siguiente tutorial veremos como instalar JEMBOSS. la realidad es que para instalar jEMBOSS como cliente “standalone” o “cliente/servidor” es un un poco engorroso y no precisamente por la dificultad del proceso, si no por todos los enredos del propio sistema de instalación, aunque no está mal leer un poco acerca de Axis y Tomcat de vez en cuando y aprender cosas nuevas.

Básicamente los pasos para instalar jEMBOSS en Ubuntu Linux son:

1. Descargar e instalar EMBOSS.

Descarga EMBOSS desde la siguiente liga: ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/EMBOSS-6.3.1.tar.gz

Nota: JEMBOSS viene dentro del tarball de EMBOSS por lo que no es necesario buscar por toda internet donde descargar JEMBOSS como a mi me paso :S

2. Descargar e instalar JAVA y configurar la variable de entorno JAVA_HOME

En Ubuntu Linux puedes simplemente instalar JAVA usando apt-get de la siguiente manera:

$sudo apt-get install sun-java6-jdk

para definir la variable de entorno “JAVA_HOME” solo hay que teclear lo siguiente:

$sudo echo “export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun” >> /etc/profile.d/java.sh

$source /etc/profile.d/java.sh

comprueba que ya tienes instalado JAVA ejecutando el siguiente comando:

$java -version

este comando imprimirá algo como:

java version “1.6.0”
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0-b105)
Java HotSpot(TM) Client VM (build 1.6.0-b105, mixed mode, sharing)

pero ojo !! esto es en mi caso personal ya que JAVA se encuentra instalado en /usr/lib/jvm/java-6-sun, quizá en tu caso primero tienes que averiguar donde está instalado JAVA( intenta con el comando dpkg).

3. Descargar e instalar Tomcat y definir la variable de entorno CATALINA_HOME

para instalar Tomcat existen varias maneras de como hacerlo, quizá la manera mas sencilla es usar apt-get, solo recuerda que cualquiera que sea el método habrá que definir la variable de entorno “CATALINA_HOME” la cual debe apuntar hacia el directorio “bin” de Tomcat.

puedes hacer un búsqueda primero con apt-cache:

$sudo apt-cache search tomcat6

y posteriormente instalar los paquetes de tomcat6 en Ubuntu Linux:

$sudo apt-get install tomcat6-*

Después que hayas instalado Tomcat , define la variable CATALINA_HOME:

$sudo echo “export CATALINA_HOME=/usr/share/tomcat6″ >> /etc/profile.d/catalina.sh

$source /etc/profile.d/catalina.sh

4. Configurar roles y usuarios para el manager dentro de Tomcat.

independientemente del método de instalación de Tomcat busca el directorio de configuración de Tomcat y edita el archivo “tomcat-users.xml” añadiendo lo siguiente dentro de los tags <tomcat-users></tomcat-users> :

<role rolename=”admin” />
<user username=”admin” password=”admin” roles=”admin,manager” />

Para, reinicia o inicia el servicio de Tomcat , en Ubuntu y dependiendo de como hayas instalado Tomcat , si instalaste por apt-get intenta reiniciar el servicio usando: sudo /etc/init.d/tomcat restart

Haz una prueba, abre tu navegador web y navega hacia la dirección http://localhost:8080/manager/html

y seguro te preguntara un usuario y contraseña del usuario.

5. Descargar e instalar Apache Axis.

descarga los binarios, también los fuentes de Axis y descomprime todo.

copia la aplicación axis hacia el directorio “webapps” de Tomcat:

$sudo cp -r axis-1_4/webapps/axis $CATALINA_HOME/webapps/

copia todo el directorio del paquete de condigo fuente de Axis

$sudo cp -R axis-1_4-src /usr/local

y haces un enlace simbolico:

$sudo ln -s /usr/local/axis-1_4-src /usr/local/axis

6. Descargar e instalar JavaMail, Apache Xml Security(opcional o si es necesario)

prueba con http://localhost:8080/axis/

posiblemente al hacer el test “happyaxis.jsp” (Validation) te de un resultado el cual no sea de tu agrado y es que quizá haga falta instalar JavaMail y ApacheXmlSecurity,descarga y copia las libs en /usr/share/tomcat6/webapps/axis/WEB-INF/lib (si es tu caso) , en caso contrario intenta usar y exportar la variable entorno CLASSPATH y ahí definir la ruta hacia el jar de JavaMail.

intenta de nuevo con http://localhost:8080/axis/ y seleccionas la liga “Validation” y con esto ya debes quedar agusto después de ver los resultados.

7. Iniciar el proceso de instalación de EMBOSS/jEMBOSS

para ello desde la linea de comandos dirigete hacia el directorio de EMBOSS y entra al directorio de JEMBOSS y de ahi al directorio “utils” , listalo y veras un script de shell “install-jemboss-server.sh" ejecutalo de la siguiente manera:

$./install-jemboss-server.sh

sigue todo el proceso del script, para ello vas a necesitar tener instalado Clustalw y Primer3

primero se ejecuta la compilación de EMBOSS, EMBASSY y JEMBOSS , el script te mostrara una salida como la siguiente:

Note: Tomcat may still be running!
Use the tomstop & tomstart scripts to stop & start tomcat.

Try running Jemboss with the script:
/usr/local/emboss/share/EMBOSS/jemboss/runJemboss.sh

To create a web launch page see:

http://emboss.sourceforge.net/Jemboss/install/deploy.html

Sí todo el proceso es complicado para ti puedes usar apt-get para instalar JEMBOSS y EMBOSS.