my BCL2FastQ Web User Interface Pipeline

In past weeks I developed a graphical user interface , web services and shell script pipeline and the software are used on HiSeq sequencing runs , I used the following development tools:  Google Web Kit, Mono (C#) Wsdl Web Services, Shell scripts.

bcl2fastqui1

The WebUI loads the web service shell script pipeline then convert illumina bcl raw files using casava software,  there are plenty features supported :D ,

 

MSD – Multiplexing Sfffile Desktop

Después de bastante tiempo les presento una interfaz que desarrolle para el escritorio de Linux , la cual sirve para contar, extraer lecturas y valores de calidad por cada etiqueta de una librería con “barcode” en una corrida del instrumento de secuenciación 454.

La aplicación está desarrollada usando Mono y C# (CSharp) y puedes correrla en una distribución Linux como Ubuntu, Linux Mint, CentOS, Fedora.

 

Mi Minuta Talleres Bioinformática Ciencias Genomicas UNAM 2012

Gracias a la invitación de Jerome Verleyne y Romualdo Zayas la cual agradezco mucho, participe como ponente en los talleres internacionales de bioinformática 2012 los cuales se llevaron a cabo en el Centro de Ciencias Genomicas de la UNAM del 16 al 27 de enero de 2012.

Durante mi estancia en los talleres encontré a personas conocidas con quien pude al menos intercambiar un saludo.

Fue un excelente evento, realmente aprendes muchos temas muy interesantes y lo mejor es que todos tienen el mismo espíritu de compartir y una buena vibra !! a mi realmente me sorprendió que algunas de las personas conocieran mi pequeño blog de bioinformática y estuviesen al pendiente del mismo, gracias !! gracias por la buena vibra con la que me contagiaron durante el evento y gracias a todos las personas que se me acercaron para platicar un poco, cuentan con mi apoyo siempre.

Básicamente me toco impartir dos platicas, la primera sobre las experiencias y problemas en mi trabajo y la segunda platica aborde el tema sobre una aplicación web llamada “Query Sequence Visualizer” que desarrollamos hace 5 años en el Laboratorio Nacional de Genomica para la Biodiversidad en el Cinvestav, la cual se uso para visualizar y consultar información sobre el genoma del maíz palomero.

El material, presentación online y detalles de la aplicación Query Sequence Visualizer es:

http://www.langebio.cinvestav.mx/bioinformatica/jacob/projects/qsv/

Me gusto mucho añadir que el proyecto Query Sequence Visualizer que desarrollamos fue sin más ni más “HECHO EN MÉXICO”

La presentación en formato pdf de la platica de las Experiencias y Problemas Experiencias y Problemas

Algunas de las fotografías que tome :

Es importante empezar a desarrollar algoritmos para el GPU para el análisis de la información biológica y minimizar tiempos, aunque no estoy muy de acuerdo en la platica de la persona que toco el tema de NVIDIA CUDA , pues finalmente Rocks es Software Libre y si en un momento dado cambiara el esquema de licencia , podemos hacer un fork de Rocks, juntar programadores y administradores quienes estén interesados en que el proyecto Rocks siga libremente y para ello existen mas del 70% de gente en el mundo que seguro estarán de acuerdo y con el animo de participar , soy el primero en apuntarse a continuar con el desarrollo de Rocks, es cierto que puede haber soluciones comerciales y que bueno que existan pero por no por ello podemos con fundamento decir que es la panacea y que por ello debemos migrar a dicha solución comercial.

Muchas gracias a Clemen Olivares del IBT por todo tu apoyo !!! Clemen Graciassss !!

Muchas gracias Cei Abreu por tu apoyo !! :D

Gracias a todos todos y como dijera Pablo Vinuesa , nos vemos el próximo año.

No olviden inscribirse a la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática

Jerome Verleyne

Query Sequence Visualizer Beta

Últimamente he estado instalando la aplicación web oficial qué desarrolle parar mostrar los datos, desde tu navegador web, del genoma de maíz palomero.En principio  creí que seria solo de copiar, mover la aplicación e instalar las dependencias más sin embargo me encontré con varios detalles o mejor dicho problemas.

En resumen, los detalles sobre la instalación de la Interfaz del Maíz Palomero(todos solucionados):

  • Compile el framework del servidor de aplicaciones de la interfaz
  • Limpie código html/javascript innecesario, aún falta hacer más limpieza.
  • Encontré un bug en el servidor de aplicaciones de la interfaz, ya lo reporte, para descubrir el bug tomo analizar muchos detalles.
  • Instale librerías para el motor de base de datos MySql.
  • Analizar la falla de BLAST, por alguna  razón  el programa ejecutable “blastall” se daño.
  • Descargue la nueva versión “standalone” de blast “legacy”(el de siempre) , es decir no BLAST+, y lo reinstale.
  • Ahora los usuarios pueden hacer uso de BLAST en la ultima versión 2.2.24 “Legacy” desde la interfaz.
  • Tuve que hacer ajustes en los servicios web de la interfaz y recompilarlos nuevamente.
  • Desarrollo de pequeños tests para probar los servicios web de la interfaz.

y principalmente hacer cambios de direccionamiento de red, dns y firewall.

Más información sobre Query Sequence Visualizer consulta aquí