Simple User Login System for BioScope

this post via http://solid.community.appliedbiosystems.com/groups/bioinformatics/blog/2011/03/17/simple-user-login-system-for-bioscope

Maybe the fastest solution to validate users in BioScope is to use the same Apache Tomcat.

In past days I developed a web page to control users authentication in BioScope, at this time the access control is handled using password and username key,  this key value pair are validated by one database engine, there are some options  Sqlite, MySql and PostgreSql .

If you request BioScope web page, you are redirected to login web page then if you login sucessfully you are redirected to main BioScope web page.

How to install EMBOSS/JEMBOSS

JEMBOSS es una interfaz gráfica para EMBOSS.

En el siguiente tutorial veremos como instalar JEMBOSS. la realidad es que para instalar jEMBOSS como cliente “standalone” o “cliente/servidor” es un un poco engorroso y no precisamente por la dificultad del proceso, si no por todos los enredos del propio sistema de instalación, aunque no está mal leer un poco acerca de Axis y Tomcat de vez en cuando y aprender cosas nuevas.

Básicamente los pasos para instalar jEMBOSS en Ubuntu Linux son:

1. Descargar e instalar EMBOSS.

Descarga EMBOSS desde la siguiente liga: ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/EMBOSS-6.3.1.tar.gz

Nota: JEMBOSS viene dentro del tarball de EMBOSS por lo que no es necesario buscar por toda internet donde descargar JEMBOSS como a mi me paso :S

2. Descargar e instalar JAVA y configurar la variable de entorno JAVA_HOME

En Ubuntu Linux puedes simplemente instalar JAVA usando apt-get de la siguiente manera:

$sudo apt-get install sun-java6-jdk

para definir la variable de entorno “JAVA_HOME” solo hay que teclear lo siguiente:

$sudo echo “export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun” >> /etc/profile.d/java.sh

$source /etc/profile.d/java.sh

comprueba que ya tienes instalado JAVA ejecutando el siguiente comando:

$java -version

este comando imprimirá algo como:

java version “1.6.0”
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0-b105)
Java HotSpot(TM) Client VM (build 1.6.0-b105, mixed mode, sharing)

pero ojo !! esto es en mi caso personal ya que JAVA se encuentra instalado en /usr/lib/jvm/java-6-sun, quizá en tu caso primero tienes que averiguar donde está instalado JAVA( intenta con el comando dpkg).

3. Descargar e instalar Tomcat y definir la variable de entorno CATALINA_HOME

para instalar Tomcat existen varias maneras de como hacerlo, quizá la manera mas sencilla es usar apt-get, solo recuerda que cualquiera que sea el método habrá que definir la variable de entorno “CATALINA_HOME” la cual debe apuntar hacia el directorio “bin” de Tomcat.

puedes hacer un búsqueda primero con apt-cache:

$sudo apt-cache search tomcat6

y posteriormente instalar los paquetes de tomcat6 en Ubuntu Linux:

$sudo apt-get install tomcat6-*

Después que hayas instalado Tomcat , define la variable CATALINA_HOME:

$sudo echo “export CATALINA_HOME=/usr/share/tomcat6″ >> /etc/profile.d/catalina.sh

$source /etc/profile.d/catalina.sh

4. Configurar roles y usuarios para el manager dentro de Tomcat.

independientemente del método de instalación de Tomcat busca el directorio de configuración de Tomcat y edita el archivo “tomcat-users.xml” añadiendo lo siguiente dentro de los tags <tomcat-users></tomcat-users> :

<role rolename=”admin” />
<user username=”admin” password=”admin” roles=”admin,manager” />

Para, reinicia o inicia el servicio de Tomcat , en Ubuntu y dependiendo de como hayas instalado Tomcat , si instalaste por apt-get intenta reiniciar el servicio usando: sudo /etc/init.d/tomcat restart

Haz una prueba, abre tu navegador web y navega hacia la dirección http://localhost:8080/manager/html

y seguro te preguntara un usuario y contraseña del usuario.

5. Descargar e instalar Apache Axis.

descarga los binarios, también los fuentes de Axis y descomprime todo.

copia la aplicación axis hacia el directorio “webapps” de Tomcat:

$sudo cp -r axis-1_4/webapps/axis $CATALINA_HOME/webapps/

copia todo el directorio del paquete de condigo fuente de Axis

$sudo cp -R axis-1_4-src /usr/local

y haces un enlace simbolico:

$sudo ln -s /usr/local/axis-1_4-src /usr/local/axis

6. Descargar e instalar JavaMail, Apache Xml Security(opcional o si es necesario)

prueba con http://localhost:8080/axis/

posiblemente al hacer el test “happyaxis.jsp” (Validation) te de un resultado el cual no sea de tu agrado y es que quizá haga falta instalar JavaMail y ApacheXmlSecurity,descarga y copia las libs en /usr/share/tomcat6/webapps/axis/WEB-INF/lib (si es tu caso) , en caso contrario intenta usar y exportar la variable entorno CLASSPATH y ahí definir la ruta hacia el jar de JavaMail.

intenta de nuevo con http://localhost:8080/axis/ y seleccionas la liga “Validation” y con esto ya debes quedar agusto después de ver los resultados.

7. Iniciar el proceso de instalación de EMBOSS/jEMBOSS

para ello desde la linea de comandos dirigete hacia el directorio de EMBOSS y entra al directorio de JEMBOSS y de ahi al directorio “utils” , listalo y veras un script de shell “install-jemboss-server.sh" ejecutalo de la siguiente manera:

$./install-jemboss-server.sh

sigue todo el proceso del script, para ello vas a necesitar tener instalado Clustalw y Primer3

primero se ejecuta la compilación de EMBOSS, EMBASSY y JEMBOSS , el script te mostrara una salida como la siguiente:

Note: Tomcat may still be running!
Use the tomstop & tomstart scripts to stop & start tomcat.

Try running Jemboss with the script:
/usr/local/emboss/share/EMBOSS/jemboss/runJemboss.sh

To create a web launch page see:

http://emboss.sourceforge.net/Jemboss/install/deploy.html

Sí todo el proceso es complicado para ti puedes usar apt-get para instalar JEMBOSS y EMBOSS.