Fixed Gap2Caf Tools for MIRA 4.x Genome Assembly

results_mira2other

In past days I was trying to assemble , using denovo method of course, mapped SOLiD reads using MIRA assembler and the results were successful. The mira assembler generate full assemblie formats like caf or maf and other formats like fasta, quality value, wig and tcs files, I´m sure that you will need to convert formats to reach some tools like assembly viewers, editors or scaffolders.

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Labsergen BCL2FASTQ Pipeline

bcl2fastqpipelinemainidea3

The BCL2FASTQ Pipeline consists of an interface in command line, flexible and friendly, which I developed in the LANGEBIO Genomic Services department because we need to make use of illumina’s software applications in a more simple way.

The BCL2FASTQ Pipeline allows to :

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EBI Wise 2 plus updated SQUID available.

The Wise2 package is entirely open source licensed for use by both commerical and academic sites. This means that anyone can modify and
redistribute the source code without restriction. However, the use of the source code as part of a larger, and potentially propietary package depends on which portions of the source code you wish to use. Each directory has a seperate LICENSE or GNULICENSE file which you
should read, but the gist is given below.

Download updated EBI Wise 2 from here

Download from EBI (outdated version)

Installation instructions here or INSTALL

Currently I’m packaging (deb and rpm) EBI Wise 2 binaries for Debian and Red Hat based linux distros.

Jacob

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Mi Minuta Talleres Bioinformática Ciencias Genomicas UNAM 2012

Gracias a la invitación de Jerome Verleyne y Romualdo Zayas la cual agradezco mucho, participe como ponente en los talleres internacionales de bioinformática 2012 los cuales se llevaron a cabo en el Centro de Ciencias Genomicas de la UNAM del 16 al 27 de enero de 2012.

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xsq-tools on CentOS Linux 6

Follow this unofficial tutorial step by step to run xsq-tools on CentOS Linux 6 and OpenSuse Linux

1. If you are using CentOS Linux 6, OpenSuse Linux check which GNU LIBC version you have installed. you can use this command

[jacob@localhost xsq-tools]$ ldd – -version
ldd (GNU libc) 2.12

Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
Written by Roland McGrath and Ulrich Drepper.

to run xsq-tools you will need GNU libc version 2.5+ !!

2. Get Official xsq-tools software package distribution from LifeTech/ABI

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Talleres Internacionales de Bioinformática / International Workshops on Bioinformatics – 2012



Nos es grato informarle que el Nodo Nacional de Bioinformática
(NNB-UNAM) y la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SOIBio), con
el apoyo del Centro de Ciencias Genómicas (CCG-UNAM), el Instituto de
Biotecnología (IBt-UNAM), la Licenciatura en Ciencias Genómicas
(LCG-UNAM) y EMBnet organizan los Talleres Internacionales de
Bioinformática - 2012, que se llevarán a cabo del 16 al 27 de enero de
2012 en las instalaciones del CCG en Cuernavaca Morelos, México.

En la semana del 16 al 20 de Enero se impartirán 2 talleres de nivel
básico dirigido a principiantes en el área. En la semana del 23 al 27 de
Enero se ofrecerán 2 talleres especializados, uno dirigido a gente
trabajando en análisis de datos generados por secuenciadores de nueva
generación y otro para Administradores de Sistemas.

Para los detalles de los programas y procedimiento de registro, favor de
visitar el sitio web del evento:

http://congresos.nnb.unam.mx

Comité Organizador
TIB -2012
---------------------------
We are pleased to announce that the National Node of Bioinformatics
(NNB-UNAM) and the Iberoamerican Society of Bioinformatics (SOIBio),
with support from the Center for Genomic Sciences (CCG-UNAM), the
Institute of Biotechnology (IBT-UNAM), the Undergraduate Program in
Genomics Sciences (LCG-UNAM) and the EMBnet, organize the “International
Workshops on Bioinformatics – 2012” which will be held from January 16th
to 27th, 2012 in the CCG facilities in Cuernavaca Morelos, Mexico.

Two Basic or introductory workshops will be offered during the first
week (January 16th-20th), geared towards beginners in the field. Two
advanced workshops will be offered during the second week (January 23rd
to 27th), one designed for people working with data generated by next
generation sequencers, and the other for System Administrators.

For the details on the programs and registration procedure, please visit
the event website:

http://congresos.nnb.unam.mx

Organizing Committee
IWB - 2012

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BioScope: validar genomas de referencia

Comentando con Leonardo Varuzza , le decía que el plugin de ma.to.bam de BioScope generaba un error y aunque nuestro mapeo a nuestra referencia era correcto y completo , nuestro formato bam no se generaba y por ende cualquier otro tipo de análisis que dependiera de este formato ya no seria viable. Pues una sugerencia…

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¿Cómo instalar TopHat para RNA-Seq sin morir en el intento?

TopHat te permite alinear lecturas de RNA-Seq a un genoma para identificar “splice junctions” de exon a exon y está desarrollado usando parte del código de Bowtie. TopHat lo puedes ejecutar en Linux y Mac OS X, TopHat necesita de SamTools para compilarse. Descomprime el archivo tar.gz de TopHat , básicamente tienes a la mano…

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[ Bug #1 Fixed ] RPy – Python interface to the R Programming Language

En días pasados estuve trabajando un poco con Galaxy localmente en mi computadora, sin embargo la instalación normalita es muy sencilla pero si quieres algo ya mas “pro” es necesario leer la documentación del wiki, pero un problema que sucedió fue que al tratar de instalar la interfaz de programación en Python para R salieron…

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Discovering BioScope Tutorials

Prepare un tutorial interactivo el cual he titulado “Descubriendo BioScope”, estaré elaborando más conforme la marcha. Básicamente en este tutorial aprenderás: Mapear una librería de fragmentos. Verificar el estado de la cola de trabajo del cluster de computo. Analizar los resultados del mapeo de tus secuencias. Te proporciono algunos tips que pueden servir. Para visualizar…

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[Solucionado] Black Screen DELL T5500/Ubuntu 10.04/Bio-Linux 6

Seguramente al instalar Ubuntu Linux 10.04 o Bio-Linux 6 , en una computadora DELL modelo T5500, que en nuestro caso es lo mismo, habrás notado que al termino de la instalación  y reinicio del sistema, el monitor aunque este encendido pareciera que está apagado y sin ninguna señal de vida. La solución a este problema…

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How to install EMBOSS/JEMBOSS

JEMBOSS es una interfaz gráfica para EMBOSS. En el siguiente tutorial veremos como instalar JEMBOSS. la realidad es que para instalar jEMBOSS como cliente “standalone” o “cliente/servidor” es un un poco engorroso y no precisamente por la dificultad del proceso, si no por todos los enredos del propio sistema de instalación, aunque no está mal…

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Encuesta Curso Linux Básico en LANGEBIO

Por favor déjanos escuchar tu opinión a la vez que nos ayudas a mejorar los cursos que estaremos impartiendo próximamente , para ello haz clic en la siguiente liga para acceder a la encuesta. En breve estará disponible el material presentado durante el curso para descargar. Gracias por tu participación.

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Clase de Bioinformática Cinvestav (4/Feb/2010)

El pasado 4 de febrero  me solicitaron cooperar e impartir una clase ,a un grupo de alumnos de maestría, sobre una introducción a la bioinformática, describí un panorama general sobre los puntos que en mi opinión serian provechosos para los estudiantes. Así mismo me permití hacer una breve encuesta a los alumnos para mi propia…

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Imágenes del curso básico de GNU/Linux 2010

Después de 3 largos días, el curso de GNU/Linux básico llego a su fin. fue agradable saber que hubo más de 30 personas interesadas en aprender a usar Linux y que al menos 28 personas se presentaron a tomar el curso. Principalmente ,el alcance del curso se oriento al manejo básico de comandos  sin dejar…

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Curso Básico de Bio-Linux (28,29 y 30 Sept 2010)

El próximo 28 de Septiembre estaré impartiendo un curso de Bio-Linux en LANGEBIO-CINVESTAV. El curso dura 8 hrs aprox. y el horario es de 9 a 6pm, desde luego tendremos tiempos de descanso. El curso se llevara a cabo en el aula de capacitación ‘in silico’ del Langebio (Edificio B, primer piso). Para inscribirse haz…

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Clínica “Instalación del sistema operativo BioLinux en una PC”

El próximo jueves 23  de Septiembre estaré impartiendo una clínica sobre como instalar BioLinux en una computadora PC, la clínica se volverá a repetir el día viernes 24 de Septiembre. El horario es de 9 a 12 de la mañana para ambos días. la clínica se llevara a cabo en el aula de capacitación ‘in…

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