Bioinformatics Linux Training BioLinux Cinvestav Langebio 2010 2011

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[caption id="" align="alignnone" width="500"] Curso Linux Bioinformatica 2010[/caption]

En años pasados, 2010 y 2011 para ser exactos, impartí un par de cursos sobre Linux, BioLinux 6 y una introducción básica a la manipulación de secuencias de nucleotidos simple por medio de comandos y shell a estudiantes de maestría, licenciatura y doctorado de la Unidad Cinvestav Irapuato y el Langebio Cinvestav .

biolinux

El material de trabajo que desarrolle y utilice para el curso incluye teoría y practica (diapositivas, ejercicios y ejemplos) lo puedes descargar en el siguiente sitio web oficial del curso. Dentro del paquete se incluye la licencia de uso para la documentación disponible, así como los comentarios de varios de los participantes a los cursos 😀 😉

BCL2FASTQ WEB UI Pipeline , Web Services (Mono C#), Shell Scripts, Linux HPC, Illumina HISEQ 2500 Sequencing on our lab :D

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mono-logo

I’m still using Mono on Bioinformatics !!

lab1

La orden de ejecución del Pipeline se lleva a cabo a través de un servicio web que se consume a través de una interfaz gráfica de usuario simple, la cual es desarrollada bajo Google Web Kit.

bcl2fastqpipeline

El Servicio Web está desarrollado en C# en Linux totalmente y corre bajo el Application Server Mono XSP4 usando un profile de .NET Framework 4 bajo un sistema operativo empresarial CentOS Linux como lo es en nuestro caso el nodo maestro de nuestro Cluster de Computo HPC de operación principal.

bcl2fastqui2

No hace falta mencionar que la aplicación web que se ha desarrollado usa sin duda herramientas como DojoToolkit, JQuery y varias librerías excelentes =D

La siguiente imagen solo muestra un extracto de las operaciones que el Pipeline va ejecutando durante su flujo de operación:

bcl2fastqui4

Fixed Gap2Caf Tools for MIRA 4.x Genome Assembly

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results_mira2other

In past days I was trying to assemble , using denovo method of course, mapped SOLiD reads using MIRA assembler and the results were successful. The mira assembler generate full assemblie formats like caf or maf and other formats like fasta, quality value, wig and tcs files, I´m sure that you will need to convert formats to reach some tools like assembly viewers, editors or scaffolders.

Tips to run FigTree a graphical viewer of phylogenetic trees on LinuxMint 17

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influenzatree

you will need to patch the figtree shell script , you could to think more solutions 😀

[shell]

#!/bin/sh

FIGTREE_HOME=”$( cd “$( dirname “${BASH_SOURCE[0]}” )” && pwd )/..”

java -Xms64m -Xmx512m -jar $FIGTREE_HOME/lib/figtree.jar $*

[/shell]

now try to run the shell script once again

ohhh bingo !!!it’s FIXED 😀

Labsergen BCL2FASTQ Pipeline

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bcl2fastqpipelinemainidea3

The BCL2FASTQ Pipeline consists of an interface in command line, flexible and friendly, which I developed in the LANGEBIO Genomic Services department because we need to make use of illumina’s software applications in a more simple way.

The BCL2FASTQ Pipeline allows to :

EBI Wise 2 plus updated SQUID available.

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The Wise2 package is entirely open source licensed for use by both commerical and academic sites. This means that anyone can modify and
redistribute the source code without restriction. However, the use of the source code as part of a larger, and potentially propietary package depends on which portions of the source code you wish to use. Each directory has a seperate LICENSE or GNULICENSE file which you
should read, but the gist is given below.

Download updated EBI Wise 2 from here

Download from EBI (outdated version)

Installation instructions here or INSTALL

Currently I’m packaging (deb and rpm) EBI Wise 2 binaries for Debian and Red Hat based linux distros.

Jacob

xsq-tools on CentOS Linux 6

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Follow this unofficial tutorial step by step to run xsq-tools on CentOS Linux 6 and OpenSuse Linux

1. If you are using CentOS Linux 6, OpenSuse Linux check which GNU LIBC version you have installed. you can use this command

[jacob@localhost xsq-tools]$ ldd – -version
ldd (GNU libc) 2.12

Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
Written by Roland McGrath and Ulrich Drepper.

to run xsq-tools you will need GNU libc version 2.5+ !!

2. Get Official xsq-tools software package distribution from LifeTech/ABI

Talleres Internacionales de Bioinformática / International Workshops on Bioinformatics – 2012

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Nos es grato informarle que el Nodo Nacional de Bioinformática
(NNB-UNAM) y la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SOIBio), con
el apoyo del Centro de Ciencias Genómicas (CCG-UNAM), el Instituto de
Biotecnología (IBt-UNAM), la Licenciatura en Ciencias Genómicas
(LCG-UNAM) y EMBnet organizan los Talleres Internacionales de
Bioinformática - 2012, que se llevarán a cabo del 16 al 27 de enero de
2012 en las instalaciones del CCG en Cuernavaca Morelos, México.

En la semana del 16 al 20 de Enero se impartirán 2 talleres de nivel
básico dirigido a principiantes en el área. En la semana del 23 al 27 de
Enero se ofrecerán 2 talleres especializados, uno dirigido a gente
trabajando en análisis de datos generados por secuenciadores de nueva
generación y otro para Administradores de Sistemas.

Para los detalles de los programas y procedimiento de registro, favor de
visitar el sitio web del evento:

http://congresos.nnb.unam.mx

Comité Organizador
TIB -2012
---------------------------
We are pleased to announce that the National Node of Bioinformatics
(NNB-UNAM) and the Iberoamerican Society of Bioinformatics (SOIBio),
with support from the Center for Genomic Sciences (CCG-UNAM), the
Institute of Biotechnology (IBT-UNAM), the Undergraduate Program in
Genomics Sciences (LCG-UNAM) and the EMBnet, organize the “International
Workshops on Bioinformatics – 2012” which will be held from January 16th
to 27th, 2012 in the CCG facilities in Cuernavaca Morelos, Mexico.

Two Basic or introductory workshops will be offered during the first
week (January 16th-20th), geared towards beginners in the field. Two
advanced workshops will be offered during the second week (January 23rd
to 27th), one designed for people working with data generated by next
generation sequencers, and the other for System Administrators.

For the details on the programs and registration procedure, please visit
the event website:

http://congresos.nnb.unam.mx

Organizing Committee
IWB - 2012

Discovering BioScope Tutorials

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Prepare un tutorial interactivo el cual he titulado “Descubriendo BioScope”, estaré elaborando más conforme la marcha. Básicamente en este tutorial aprenderás: Mapear una librería de fragmentos. Verificar el estado de la cola de trabajo del cluster de computo. Analizar los … Read More

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