BioScope: validar genomas de referencia

Comentando con Leonardo Varuzza , le decía que el plugin de ma.to.bam de BioScope generaba un error y aunque nuestro mapeo a nuestra referencia era correcto y completo , nuestro formato bam no se generaba y por ende cualquier otro tipo de análisis que dependiera de este formato ya no seria viable. Pues una sugerencia…

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Augustus Trainer Fix

En meses pasados estuve probando Augustus y al intentar usar el script “augustus-x.y.z/scripts/autoAugTrain.pl” para entrenar Augustus, y después de instalar correctamente las dependencias (yaml, blat,scipio..etc)  y ejecutar el script, solo resultaba en el mensaje: Program aborted. Possibly “scipio” is not installed or not in your PATH at ./autoAugTrain.pl line 771 Después de hacer varias pruebas,…

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Padre, the Perl IDE

Padre is a Perl IDE, an Integrated Development environment, or in other words a text editor that is simple to use for new Perl programmers but also supports large multi-lingual and multi-technology projects. Customizable syntax highlighting of many languages Syntax checking for Perl 5 and Perl 6 Refactoring tools for Perl 5 and Perl 6…

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