Query Sequence Visualizer Beta

Últimamente he estado instalando la aplicación web oficial qué desarrolle parar mostrar los datos, desde tu navegador web, del genoma de maíz palomero.En principio  creí que seria solo de copiar, mover la aplicación e instalar las dependencias más sin embargo me encontré con varios detalles o mejor dicho problemas.

En resumen, los detalles sobre la instalación de la Interfaz del Maíz Palomero(todos solucionados):

  • Compile el framework del servidor de aplicaciones de la interfaz
  • Limpie código html/javascript innecesario, aún falta hacer más limpieza.
  • Encontré un bug en el servidor de aplicaciones de la interfaz, ya lo reporte, para descubrir el bug tomo analizar muchos detalles.
  • Instale librerías para el motor de base de datos MySql.
  • Analizar la falla de BLAST, por alguna  razón  el programa ejecutable “blastall” se daño.
  • Descargue la nueva versión “standalone” de blast “legacy”(el de siempre) , es decir no BLAST+, y lo reinstale.
  • Ahora los usuarios pueden hacer uso de BLAST en la ultima versión 2.2.24 “Legacy” desde la interfaz.
  • Tuve que hacer ajustes en los servicios web de la interfaz y recompilarlos nuevamente.
  • Desarrollo de pequeños tests para probar los servicios web de la interfaz.

y principalmente hacer cambios de direccionamiento de red, dns y firewall.

Más información sobre Query Sequence Visualizer consulta aquí

KoriBlast Free Viewer Tutorial

Navegando por la red me encontré el programa KoriBlast Free Viewer, el cual te permite analizar los reportes de Blast de manera un tanto gráfica, para ello es necesario que al momento de realizar tu Blast y obtener tus resultados, pídele a Blast que el reporte de resultados te lo genere en formato Xml (-m 7) , ya que KoriBlast necesita el formato Xml.

Hay que recordar que el reporte de Blast en formato Xml proporciona la información completa incluyendo los alineamientos (hsps) por cada hit de cada secuencia (iteración), incluso te puede decir si hubo un error o problema, caso contrario con el reporte tabular de Blast.

KoriBlast te permite seleccionar y exportar los hits de mayor calidad, la calidad está basada en el numero de score en bits(bit-score), hacia un archivo separado por comas que en mi opinión siempre es de gran ayuda.

KoriBlast está disponible para GNU/Linux, Mac OS X y Microsoft Windows, es sencillo instalarlo, solo necesitas instalar primero la maquina virtual de JAVA que posiblemente ya la tienes instalada.

Para evitar frustraciones elabore 2 tutoriales interactivos que muestran como instalar y usar KoriBlast en Linux, ligas:

Recuerda que necesitas el plugin de Adobe Flash para visualizar los tutoriales.

Seguramente habrá muchos y mejores programas en la red , pero puedes empezar a probar KoriBlast en su versión gratuita (ojo NO LIBRE) sin ningún problema.

Si alguien se aventura a instalarlo en Mac OS X y/o Microsoft Windows y si deseas compartir tus experiencias aquí eres bienvenido !!