My Ion Torrent USB Pen Drive
getXSQ v0.1 for SOLiD 5500 instrument
if you want to copy your results from your SOLiD 5500 instrument to Server Storage you could use following bash script
There is a basic script , the main idea is that you can convert your XSQ files to colorspace, quality and fastq (ECC) values.
My current getXSQ WorkFlow..
xsq-tools on CentOS Linux 6
Follow this unofficial tutorial step by step to run xsq-tools on CentOS Linux 6 and OpenSuse Linux
1. If you are using CentOS Linux 6, OpenSuse Linux check which GNU LIBC version you have installed. you can use this command
[jacob@localhost xsq-tools]$ ldd – -version
ldd (GNU libc) 2.12
Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
Written by Roland McGrath and Ulrich Drepper.
to run xsq-tools you will need GNU libc version 2.5+ !!
2. Get Official xsq-tools software package distribution from LifeTech/ABI
Talleres Internacionales de Bioinformática / International Workshops on Bioinformatics – 2012
Nos es grato informarle que el Nodo Nacional de Bioinformática (NNB-UNAM) y la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SOIBio), con el apoyo del Centro de Ciencias Genómicas (CCG-UNAM), el Instituto de Biotecnología (IBt-UNAM), la Licenciatura en Ciencias Genómicas (LCG-UNAM) y EMBnet organizan los Talleres Internacionales de Bioinformática - 2012, que se llevarán a cabo del 16 al 27 de enero de 2012 en las instalaciones del CCG en Cuernavaca Morelos, México. En la semana del 16 al 20 de Enero se impartirán 2 talleres de nivel básico dirigido a principiantes en el área. En la semana del 23 al 27 de Enero se ofrecerán 2 talleres especializados, uno dirigido a gente trabajando en análisis de datos generados por secuenciadores de nueva generación y otro para Administradores de Sistemas. Para los detalles de los programas y procedimiento de registro, favor de visitar el sitio web del evento: http://congresos.nnb.unam.mx Comité Organizador TIB -2012 --------------------------- We are pleased to announce that the National Node of Bioinformatics (NNB-UNAM) and the Iberoamerican Society of Bioinformatics (SOIBio), with support from the Center for Genomic Sciences (CCG-UNAM), the Institute of Biotechnology (IBT-UNAM), the Undergraduate Program in Genomics Sciences (LCG-UNAM) and the EMBnet, organize the “International Workshops on Bioinformatics – 2012” which will be held from January 16th to 27th, 2012 in the CCG facilities in Cuernavaca Morelos, Mexico. Two Basic or introductory workshops will be offered during the first week (January 16th-20th), geared towards beginners in the field. Two advanced workshops will be offered during the second week (January 23rd to 27th), one designed for people working with data generated by next generation sequencers, and the other for System Administrators. For the details on the programs and registration procedure, please visit the event website: http://congresos.nnb.unam.mx Organizing Committee IWB - 2012
myXSQ
En mi tiempo libre desarrolle una aplicación, myXSQ , que básicamente permite convertir fácilmente el nuevo formato XSQ a CSFASTA+QUAL que genera como resultado del proceso de secuenciación el instrumento SOLiD 5500xl.
Workshop “Sequencing Data Visualization for SOLiD Users” México 2011
Muy rápido pasa el tiempo y bien dice la gente que recordar es vivir.
El pasado 4 de Julio asistí junto con el personal del área de genomica y estudiantes de doctorado al Workshop “Sequencing Data Visualization for SOLiD Users” el cual se llevo a cabo en las oficinas de Life Technologies de México.
Apenas llegue a mi habitación cuando ya estaba instalando algunos de los programas en mi computadora portátil y la mac.
llegamos algo cansados y teníamos hambre por lo que decidimos cenar y disfrutar de una muy buena platica con todos , después ya bien comiditos nos fuimos a instalar las computadoras con los programas necesarios para el Workshop, yo me desvele un poco más tiempo ya que una computadora estaba dando mucha guerra pero como dicen que no hay peor lucha que la que no se hace finalmente quedo lista.
Leonardo inicio con el Workshop hablando sobre los análisis de los datos de Bioinformática en general, muy buena platica.
El workshop estuvo bien , estuvimos usando varias herramientas para visualización de secuencias como Magic Viewer, ChipViewer , Tablet y BamViewer , está platica fue impartida por la gente de Winter Genomics, también ellos hablaron sobre Galaxy solo que por alguna extraña razón el sitio web oficial de Galaxy se bloqueo, lo bueno es que tenia configurado Galaxy en mi propia computadora portátil por lo que les pasamos la dirección de mi computadora para que todos pudieran entrar a Galaxy y seguir trabajando con el WorkShop.
Alrededor de las 2:15 salimos a comer , todos estuvimos invitados a comer por parte de Life Technologies México , gracias.
Al termino de la comida regresamos a la siguiente parte del workshop, Leonardo realizo una demostración del nuevo software de análisis de datos de SOLiD “LifeScope”.
De imprevisto me anime a participar complementando un poco sobre Galaxy y BioScope, pero mi computadora portátil no pudo reconocer el proyector por lo que solo use la computadora de Leonardo para presentar algo rápido.