BCL2FASTQ WEB UI Pipeline , Web Services (Mono C#), Shell Scripts, Linux HPC, Illumina HISEQ 2500 Sequencing on our lab :D

mono-logo

I’m still using Mono on Bioinformatics !!

lab1

La orden de ejecución del Pipeline se lleva a cabo a través de un servicio web que se consume a través de una interfaz gráfica de usuario simple, la cual es desarrollada bajo Google Web Kit.

bcl2fastqpipeline

El Servicio Web está desarrollado en C# en Linux totalmente y corre bajo el Application Server Mono XSP4 usando un profile de .NET Framework 4 bajo un sistema operativo empresarial CentOS Linux como lo es en nuestro caso el nodo maestro de nuestro Cluster de Computo HPC de operación principal.

bcl2fastqui2

No hace falta mencionar que la aplicación web que se ha desarrollado usa sin duda herramientas como DojoToolkit, JQuery y varias librerías excelentes =D

La siguiente imagen solo muestra un extracto de las operaciones que el Pipeline va ejecutando durante su flujo de operación:

bcl2fastqui4

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Labsergen BCL2FASTQ Pipeline

bcl2fastqpipelinemainidea3

The BCL2FASTQ Pipeline consists of an interface in command line, flexible and friendly, which I developed in the LANGEBIO Genomic Services department because we need to make use of illumina’s software applications in a more simple way.

The BCL2FASTQ Pipeline allows to :

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App: Illumina UMSi for HISEQ and MiSEQ

Soft1

I developed this based desktop app using Visual Basic 6 programming language for the illumina instrument HiSeq and MiSeq.

This desktop app runs on Microsoft Windows 7 it allows to attach a Linux Network Storage via smb protocol . software requirements are Linux distribution running Samba daemon and the shares properly set.

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xsq-tools on CentOS Linux 6

Follow this unofficial tutorial step by step to run xsq-tools on CentOS Linux 6 and OpenSuse Linux

1. If you are using CentOS Linux 6, OpenSuse Linux check which GNU LIBC version you have installed. you can use this command

[jacob@localhost xsq-tools]$ ldd – -version
ldd (GNU libc) 2.12

Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
Written by Roland McGrath and Ulrich Drepper.

to run xsq-tools you will need GNU libc version 2.5+ !!

2. Get Official xsq-tools software package distribution from LifeTech/ABI

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Talleres Internacionales de Bioinformática / International Workshops on Bioinformatics – 2012



Nos es grato informarle que el Nodo Nacional de Bioinformática
(NNB-UNAM) y la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SOIBio), con
el apoyo del Centro de Ciencias Genómicas (CCG-UNAM), el Instituto de
Biotecnología (IBt-UNAM), la Licenciatura en Ciencias Genómicas
(LCG-UNAM) y EMBnet organizan los Talleres Internacionales de
Bioinformática - 2012, que se llevarán a cabo del 16 al 27 de enero de
2012 en las instalaciones del CCG en Cuernavaca Morelos, México.

En la semana del 16 al 20 de Enero se impartirán 2 talleres de nivel
básico dirigido a principiantes en el área. En la semana del 23 al 27 de
Enero se ofrecerán 2 talleres especializados, uno dirigido a gente
trabajando en análisis de datos generados por secuenciadores de nueva
generación y otro para Administradores de Sistemas.

Para los detalles de los programas y procedimiento de registro, favor de
visitar el sitio web del evento:

http://congresos.nnb.unam.mx

Comité Organizador
TIB -2012
---------------------------
We are pleased to announce that the National Node of Bioinformatics
(NNB-UNAM) and the Iberoamerican Society of Bioinformatics (SOIBio),
with support from the Center for Genomic Sciences (CCG-UNAM), the
Institute of Biotechnology (IBT-UNAM), the Undergraduate Program in
Genomics Sciences (LCG-UNAM) and the EMBnet, organize the “International
Workshops on Bioinformatics – 2012” which will be held from January 16th
to 27th, 2012 in the CCG facilities in Cuernavaca Morelos, Mexico.

Two Basic or introductory workshops will be offered during the first
week (January 16th-20th), geared towards beginners in the field. Two
advanced workshops will be offered during the second week (January 23rd
to 27th), one designed for people working with data generated by next
generation sequencers, and the other for System Administrators.

For the details on the programs and registration procedure, please visit
the event website:

http://congresos.nnb.unam.mx

Organizing Committee
IWB - 2012

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BioScope: validar genomas de referencia

Comentando con Leonardo Varuzza , le decía que el plugin de ma.to.bam de BioScope generaba un error y aunque nuestro mapeo a nuestra referencia era correcto y completo , nuestro formato bam no se generaba y por ende cualquier otro tipo de análisis que dependiera de este formato ya no seria viable. Pues una sugerencia…

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Workshop “Sequencing Data Visualization for SOLiD Users” México 2011

Muy rápido pasa el tiempo y bien dice la gente que recordar es vivir.

El pasado 4 de Julio asistí junto con el personal del área de genomica y estudiantes de doctorado al Workshop “Sequencing Data Visualization for SOLiD Users” el cual se llevo a cabo en las oficinas de Life Technologies de México.

Apenas llegue a mi habitación cuando ya estaba instalando algunos de los programas en mi computadora portátil y la mac.

llegamos algo cansados y teníamos hambre por lo que decidimos cenar y disfrutar de una muy buena platica con todos , después ya bien comiditos nos fuimos a instalar las computadoras con los programas necesarios para el Workshop, yo me desvele un poco más tiempo ya que una computadora estaba dando mucha guerra pero como dicen que no hay peor lucha que la que no se hace finalmente quedo lista.

Leonardo inicio con el Workshop hablando sobre los análisis de los datos de Bioinformática en general, muy buena platica.

El workshop estuvo bien , estuvimos usando varias herramientas para visualización de secuencias como Magic Viewer, ChipViewer , Tablet y BamViewer , está platica fue impartida por la gente de Winter Genomics, también ellos hablaron sobre Galaxy solo que por alguna extraña razón el sitio web oficial de Galaxy se bloqueo, lo bueno es que tenia configurado Galaxy en mi propia computadora portátil por lo que les pasamos la dirección de mi computadora para que todos pudieran entrar a Galaxy y seguir trabajando con el WorkShop.

Alrededor de las 2:15 salimos a comer , todos estuvimos invitados a comer por parte de Life Technologies México , gracias.

Al termino de la comida regresamos a la siguiente parte del workshop, Leonardo realizo una demostración del nuevo software de análisis de datos de SOLiD “LifeScope”.

De imprevisto me anime a participar complementando un poco sobre Galaxy y BioScope, pero mi computadora portátil no pudo reconocer el proyector por lo que solo use la computadora de Leonardo para presentar algo rápido.

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Encuesta Curso Linux Básico en LANGEBIO

Por favor déjanos escuchar tu opinión a la vez que nos ayudas a mejorar los cursos que estaremos impartiendo próximamente , para ello haz clic en la siguiente liga para acceder a la encuesta. En breve estará disponible el material presentado durante el curso para descargar. Gracias por tu participación.

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Clase de Bioinformática Cinvestav (4/Feb/2010)

El pasado 4 de febrero  me solicitaron cooperar e impartir una clase ,a un grupo de alumnos de maestría, sobre una introducción a la bioinformática, describí un panorama general sobre los puntos que en mi opinión serian provechosos para los estudiantes. Así mismo me permití hacer una breve encuesta a los alumnos para mi propia…

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Imágenes del curso básico de GNU/Linux 2010

Después de 3 largos días, el curso de GNU/Linux básico llego a su fin. fue agradable saber que hubo más de 30 personas interesadas en aprender a usar Linux y que al menos 28 personas se presentaron a tomar el curso. Principalmente ,el alcance del curso se oriento al manejo básico de comandos  sin dejar…

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Curso Básico de Bio-Linux (28,29 y 30 Sept 2010)

El próximo 28 de Septiembre estaré impartiendo un curso de Bio-Linux en LANGEBIO-CINVESTAV. El curso dura 8 hrs aprox. y el horario es de 9 a 6pm, desde luego tendremos tiempos de descanso. El curso se llevara a cabo en el aula de capacitación ‘in silico’ del Langebio (Edificio B, primer piso). Para inscribirse haz…

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Clínica “Instalación del sistema operativo BioLinux en una PC”

El próximo jueves 23  de Septiembre estaré impartiendo una clínica sobre como instalar BioLinux en una computadora PC, la clínica se volverá a repetir el día viernes 24 de Septiembre. El horario es de 9 a 12 de la mañana para ambos días. la clínica se llevara a cabo en el aula de capacitación ‘in…

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Bioinformatica en México

Ahora la gente de Ciencia y Tecnología, Investigación, Desarrollo e Innovación Tecnológica en Madrid me ha colocado dentro de su comunidad de bioinformatica y biología computacional, el cual, como lo describe José María Fernández, Madri+d-Bioinformatica es el primer weblog de Bioinformática en España y que ha sido creado como un punto de encuentro y discusión…

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Desarrollando sobre BioScope 1.2

En meses pasados estuve haciendo un poco de ingeniería inversa para añadir un nuevo menú y cuadro de dialogo con Java Rich Faces bajo el menú  de ayuda de BioScope, cabe señalar que NO es simplemente editar HTML. BioScope es el nuevo sistema de análisis de datos para el instrumento SOLiD de Applied Biosystems. BioScope…

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