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Fixed Illumina MiSeq BaseSpace Broker Service

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El instrumento de secuenciación MiSeq usa un servicio local en el sistema operativo Windows llamado “BaseSpace Broker” , este servicio permite la interacción del instrumento de secuenciación con la nube BaseSpace de illumina para realizar una serie de procesos y análisis que el usuario lleve a cabo.

En nuestro caso tuvimos problemas con este servicio ya que estaba inactivo y era imposible ponerlo en marcha y por ende al intentar realizar la secuenciación de algún proyecto , el instrumento MiSeq, no podía continuar su operación, la solución a este problema es realizar los siguientes pasos que ejecute:

Fixing iIlumina MiSeq Sequencing Instrument

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In recent days our Illumina’s MiSeq instrument stopped working, the problem was that a hard drive partition was inconsistent and the MiSeq instrument and the MiSeq Operating System could not access to the partition information for applications and data runs.

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Bioinformatics Linux Training BioLinux Cinvestav Langebio 2010 2011

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[caption id="" align="alignnone" width="500"] Curso Linux Bioinformatica 2010[/caption]

En años pasados, 2010 y 2011 para ser exactos, impartí un par de cursos sobre Linux, BioLinux 6 y una introducción básica a la manipulación de secuencias de nucleotidos simple por medio de comandos y shell a estudiantes de maestría, licenciatura y doctorado de la Unidad Cinvestav Irapuato y el Langebio Cinvestav .

biolinux

El material de trabajo que desarrolle y utilice para el curso incluye teoría y practica (diapositivas, ejercicios y ejemplos) lo puedes descargar en el siguiente sitio web oficial del curso. Dentro del paquete se incluye la licencia de uso para la documentación disponible, así como los comentarios de varios de los participantes a los cursos 😀 😉

BCL2FASTQ WEB UI Pipeline , Web Services (Mono C#), Shell Scripts, Linux HPC, Illumina HISEQ 2500 Sequencing on our lab :D

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mono-logo

I’m still using Mono on Bioinformatics !!

lab1

La orden de ejecución del Pipeline se lleva a cabo a través de un servicio web que se consume a través de una interfaz gráfica de usuario simple, la cual es desarrollada bajo Google Web Kit.

bcl2fastqpipeline

El Servicio Web está desarrollado en C# en Linux totalmente y corre bajo el Application Server Mono XSP4 usando un profile de .NET Framework 4 bajo un sistema operativo empresarial CentOS Linux como lo es en nuestro caso el nodo maestro de nuestro Cluster de Computo HPC de operación principal.

bcl2fastqui2

No hace falta mencionar que la aplicación web que se ha desarrollado usa sin duda herramientas como DojoToolkit, JQuery y varias librerías excelentes =D

La siguiente imagen solo muestra un extracto de las operaciones que el Pipeline va ejecutando durante su flujo de operación:

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Fixed Gap2Caf Tools for MIRA 4.x Genome Assembly

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In past days I was trying to assemble , using denovo method of course, mapped SOLiD reads using MIRA assembler and the results were successful. The mira assembler generate full assemblie formats like caf or maf and other formats like fasta, quality value, wig and tcs files, I´m sure that you will need to convert formats to reach some tools like assembly viewers, editors or scaffolders.

my BCL2FastQ Web User Interface Pipeline

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In past weeks I developed a graphical user interface , web services and shell script pipeline and the solution is used on HiSeq sequencing runs , I used the following development tools: Google Web Kit, Mono (C#) Wsdl Web Services, Shell scripts.

How to install PoreTools a toolkit for working with nanopore sequencing data Fast5 from Oxford Nanopore in CentOS Linux 6

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Introduction

Poretools is a flexible toolkit for manipulating and exploring datasets generated by nanopore sequencing devices from MinION for the purposes of quality control and downstream analysis.
poretoolscentoslinux

Poretools operates directly on the native FAST5 (a variant of the HDF5 standard) file format produced by ONT and provides a wealth of format conversion utilities and data exploration and visualization tools.

I will to tell you how to install this awesome python command line application in CentOS Linux 6.x

Tips to run FigTree a graphical viewer of phylogenetic trees on LinuxMint 17

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influenzatree

you will need to patch the figtree shell script , you could to think more solutions 😀

[shell]

#!/bin/sh

FIGTREE_HOME=”$( cd “$( dirname “${BASH_SOURCE[0]}” )” && pwd )/..”

java -Xms64m -Xmx512m -jar $FIGTREE_HOME/lib/figtree.jar $*

[/shell]

now try to run the shell script once again

ohhh bingo !!!it’s FIXED 😀

Labsergen BCL2FASTQ Pipeline

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bcl2fastqpipelinemainidea3

The BCL2FASTQ Pipeline consists of an interface in command line, flexible and friendly, which I developed in the LANGEBIO Genomic Services department because we need to make use of illumina’s software applications in a more simple way.

The BCL2FASTQ Pipeline allows to :

LabSerGen Genotyping By Sequencing Pipeline version 0.2

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dna

El año pasado desarrollamos en el Laboratorio de Servicios Genómicos del Langebio Cinvestav un Pipeline para trabajar con GBS (Genotyping By Sequencing) principalmente para los datos generados por el resultado del proceso de Secuenciación en las plataformas Illumina HiSeq and MiSeq.

El Pipeline ejecuta las siguientes tareas:

  1. Filtrado de Reads
  2. Indexado,si es que es necesario, de Genoma de Referencia para el Alineamiento de Reads.
  3. Alineamiento de Reads
  4. …..

App: Illumina UMSi for HISEQ and MiSEQ

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Soft1

I developed this based desktop app using Visual Basic 6 programming language for the illumina instrument HiSeq and MiSeq.

This desktop app runs on Microsoft Windows 7 it allows to attach a Linux Network Storage via smb protocol . software requirements are Linux distribution running Samba daemon and the shares properly set.

How to Uninstall Roche 454 Data Analysis, Data Processing v2.8 @ CentOS Linux 5.x ?

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roche

I’m trying uninstall via rpm package managment and works for me :),
following my instructions you could downgrade software versions :)

you will need to list all roche 454 software installed via rpm (main setup.sh )

[jacob]$ rpm -q –all | grep gs

gsMapper-2.8-1
gsNewbler-2.8-1
gsRunProcessor-2.8-1
gsRunProcessorManager-2.6-1
gsSeqTools-2.8-1
gsAmplicons-2.8-1

VCF Lib – for parsing and manipulating VCF files FIXED

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vcfliblogo

like Erik said in his github vcf lib project:

The Variant Call Format (VCF) is a flat-file, tab-delimited textual format intended to concisely describe reference-indexed variations between individuals. The current specification can be found on the 1000 Genomes wiki (http://www.1000genomes.org/wiki/Analysis/Variant%20Call%20Format/vcf-variant-call-format-version-41)

VCFLib is a simple C++ library for parsing and manipulating VCF files, + many command-line utilities

In pasts weeks I was trying to install VCFLib our HPC Cluster Computer but I had some problems to compile it , I fixed it , follow instructions below

Instalar MIRA Assembler

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miraSPLASH

MIRA es básicamente un programa para ensamblar secuencias de genoma y ests para las plataformas de Sanger, Illumina, PacBio, 454.

Existe una versión beta para usuarios de RNASeq para las plataformas de Ion Torrent, Illumina y PacBio.

Para instalar Mira puedes seguir los siguientes pasos que muestro a continuación:

Convertir del instrumento Illumina HiSeq BCL a FastQ

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hiseq2

Una vez que el instrumento de secuenciación HiSeq de la conocida empresa Illumina ha terminado de realizar el llamado de bases y arrojar los datos (BCL) a un medio de almacenamiento puedes realizar la conversión al formato FastQ.

Para esto necesitas…

MSD – Multiplexing Sfffile Desktop

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Después de bastante tiempo les presento una interfaz que desarrolle para el escritorio de Linux , la cual sirve para contar, extraer lecturas y valores de calidad por cada etiqueta de una librería con “barcode” en una corrida del instrumento de secuenciación 454.

ABI 3730xl Flow Data Results and Backup (first part)

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I was using Samba and VNC Server /Client to share AB 3730l instrument results to HPC Machine successfully and very flexible.

Multiplexing con resultados de instrumentos Roche 454

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a petición de Brenda la siguiente nota sobre Multiplexing con los datos generados por los instrumentos de Roche/454

Vayámonos directos y al grano sin entrar en tanto detalle.

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