MIRA es básicamente un programa para ensamblar secuencias de genoma y ests para las plataformas de Sanger, Illumina, PacBio, 454.
Existe una versión beta para usuarios de RNASeq para las plataformas de Ion Torrent, Illumina y PacBio.
Para instalar Mira puedes seguir los siguientes pasos que muestro a continuación:
Una vez que el instrumento de secuenciación HiSeq de la conocida empresa Illumina ha terminado de realizar el llamado de bases y arrojar los datos (BCL) a un medio de almacenamiento puedes realizar la conversión al formato FastQ.
Para esto necesitas…
Después de bastante tiempo les presento una interfaz que desarrolle para el escritorio de Linux , la cual sirve para contar, extraer lecturas y valores de calidad por cada etiqueta de una librería con “barcode” en una corrida del instrumento de secuenciación 454.
I was using Samba and VNC Server /Client to share AB 3730l instrument results to HPC Machine successfully and very flexible.
a petición de Brenda la siguiente nota sobre Multiplexing con los datos generados por los instrumentos de Roche/454
Vayámonos directos y al grano sin entrar en tanto detalle.
Vamos a instalar en nuestra propia computadora personal el software más actualizado de análisis de Ion Torrent
FastQC aims to provide a simple way to do some quality control checks on raw sequence data coming from high throughput sequencing pipelines.
If you want to run FastQC on your HPC Machine like Roche 454 Rig with old Fedora Core 4 OS , you will need to edit main FastQC shell script like this 
En el directorio packages vienen varios paquetes en formato RPM , descomprime el paquete “gsSeqTools-2.7-1.x86_64.rpm” como se muestra en la siguiente figura.
3. Esto genero una serie de directorios y subdirectorios con el contenido de los programas como se muestra:
El Sincrotrón Alba, un acelerador de partículas ubicado en Cerdanyola del Vallés (Barcelona), capaz de observar estructuras moleculares como si fuera un grandioso microscopio, ha comenzado a funcionar dos años después de su presentación oficial ante el mundo.
The MiSeq instrument integrates cluster generation, sequencing, and data analysis on a single instrument, but if you want to copy image results from your MiSeq instrument to your HPC Cluster then you will need the official Illumina basecaller OLB and Samba installed in your HPC Cluster Machine.
My simple workflow design should be suitable for Roche 454 instruments like GS FLX Titanium , GS FLX + and GS Junior.
if you want to copy your results from your SOLiD 5500 instrument to Server Storage you could use following bash script
There is a basic script , the main idea is that you can convert your XSQ files to colorspace, quality and fastq (ECC) values.
My current getXSQ WorkFlow..
In past days I was performing maintenance routine for two hpc clusters (PsscLabs/Roche 454 hpc machine and custom hpc cluster machine) .
I fixed SQUID C library for EBI Wise2 bioinformatics software application.
Wise 2 was developed in C by Ewan Birney. EBI Wise 2 software compares a protein sequence to a genomic DNA sequence, allowing for introns and frameshifting errors.
I will explain step by step how to fix SQUID and install Wise 2 in your current Linux Mint “Lisa” OS (aka Ubuntu)
$ mv sqio.c sqio.c.bk
3. try to search getline string and replace it using getlineSeq string
$ sed ‘s/getline/getlineSeq/g’ sqio.c.bk > sqio.c
4. try to test using grep command
$ grep -n “getline” sqio.c
check output
Gracias a la invitación de Jerome Verleyne y Romualdo Zayas la cual agradezco mucho, participe como ponente en los talleres internacionales de bioinformática 2012 los cuales se llevaron a cabo en el Centro de Ciencias Genomicas de la UNAM del 16 al 27 de enero de 2012.
Mapping Ion Torrent data using Omixon
you will need
Ok let’s see,
Follow this unofficial tutorial step by step to run xsq-tools on CentOS Linux 6 and OpenSuse Linux
1. If you are using CentOS Linux 6, OpenSuse Linux check which GNU LIBC version you have installed. you can use this command
[jacob@localhost xsq-tools]$ ldd – -version
ldd (GNU libc) 2.12
Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
Written by Roland McGrath and Ulrich Drepper.
to run xsq-tools you will need GNU libc version 2.5+ !!
2. Get Official xsq-tools software package distribution from LifeTech/ABI
Nos es grato informarle que el Nodo Nacional de Bioinformática (NNB-UNAM) y la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SOIBio), con el apoyo del Centro de Ciencias Genómicas (CCG-UNAM), el Instituto de Biotecnología (IBt-UNAM), la Licenciatura en Ciencias Genómicas (LCG-UNAM) y EMBnet organizan los Talleres Internacionales de Bioinformática - 2012, que se llevarán a cabo del 16 al 27 de enero de 2012 en las instalaciones del CCG en Cuernavaca Morelos, México. En la semana del 16 al 20 de Enero se impartirán 2 talleres de nivel básico dirigido a principiantes en el área. En la semana del 23 al 27 de Enero se ofrecerán 2 talleres especializados, uno dirigido a gente trabajando en análisis de datos generados por secuenciadores de nueva generación y otro para Administradores de Sistemas. Para los detalles de los programas y procedimiento de registro, favor de visitar el sitio web del evento: http://congresos.nnb.unam.mx Comité Organizador TIB -2012 --------------------------- We are pleased to announce that the National Node of Bioinformatics (NNB-UNAM) and the Iberoamerican Society of Bioinformatics (SOIBio), with support from the Center for Genomic Sciences (CCG-UNAM), the Institute of Biotechnology (IBT-UNAM), the Undergraduate Program in Genomics Sciences (LCG-UNAM) and the EMBnet, organize the “International Workshops on Bioinformatics – 2012” which will be held from January 16th to 27th, 2012 in the CCG facilities in Cuernavaca Morelos, Mexico. Two Basic or introductory workshops will be offered during the first week (January 16th-20th), geared towards beginners in the field. Two advanced workshops will be offered during the second week (January 23rd to 27th), one designed for people working with data generated by next generation sequencers, and the other for System Administrators. For the details on the programs and registration procedure, please visit the event website: http://congresos.nnb.unam.mx Organizing Committee IWB - 2012
En mi tiempo libre desarrolle una aplicación, myXSQ , que básicamente permite convertir fácilmente el nuevo formato XSQ a CSFASTA+QUAL que genera como resultado del proceso de secuenciación el instrumento SOLiD 5500xl.
